一般顯微鏡從用途上可以分為工業(yè)用顯微鏡和生物用顯微鏡。
工業(yè)顯微鏡，顧名思義，主要是應(yīng)用在工業(yè)上，因物鏡與觀察體距離較大，可進(jìn)行鏡下操作，可視范圍教大。而工業(yè)上的應(yīng)用主要就是觀測(cè)材料，工業(yè)材料大部分非透明的，比如金屬、復(fù)合材料、電子半導(dǎo)體器件。
相對(duì)于生物顯微鏡主要應(yīng)用于生命科學(xué)領(lǐng)域，觀測(cè)的主要是細(xì)胞、病菌、組織等等，絕大多數(shù)是透明物體。由于觀察試樣的透明與非透明也就決定了兩種顯微鏡在結(jié)構(gòu)上的最大不同：光路的不同，工業(yè)顯微鏡大多是反射照明光路既落射式照明(也有一些是帶有透反兩個(gè)光路或應(yīng)用在地質(zhì)方面的純透光路)，而生物顯微鏡除了熒光顯微鏡之外都是純透射鏡組，沒有反射光路。在透鏡組的材料使用方面也與普通生物顯微鏡有所不同，根據(jù)不同品牌，透鏡組的材料不同。
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